OpenBio生物数据接口

技能简介

OpenBio提供统一的API接口，用于访问PDB、UniProt、ChEMBL等生物数据库，并集成结构预测、文献检索、通路分析等计算工具。

能做什么

• 查询蛋白质结构与序列数据库
• 检索PubMed、bioRxiv等学术文献
• 运行Boltz、Chai等结构预测模型
• 执行GO富集与通路分析
• 设计引物与克隆方案
• 解析和编辑GenBank/SnapGene质粒文件

使用说明

安装指令

bunx skills add https://github.com/openbio-ai/skills --skill openbio

配置环境变量

访问 openbio.tech/profile#apikeys 创建API密钥，然后设置：

export OPENBIO_API_KEY=your_key_here

验证版本

curl -s "https://api.openbio.tech/api/v1/tools/skill-version"

调用前必做：获取工具Schema

curl -X GET "https://api.openbio.tech/api/v1/tools/{tool_name}" \
  -H "X-API-Key: $OPENBIO_API_KEY"

提交长任务后轮询结果

# 检查状态
curl -X GET "https://api.openbio.tech/api/v1/jobs/{job_id}/status" \
  -H "X-API-Key: $OPENBIO_API_KEY"

# 获取结果
curl -X GET "https://api.openbio.tech/api/v1/jobs/{job_id}" \
  -H "X-API-Key: $OPENBIO_API_KEY"

输入与输出

见下方输入与输出表格。

风险提示

• 必须预先获取工具Schema，参数名易出错（如pdb_ids而非pdb_id）
• 结构预测类任务为异步执行，需轮询job_id获取结果
• AlphaFold pLDDT<50表示无序区域，不宜直接用于对接分析
• GWAS结果需过滤p<5×10⁻⁸才具基因组水平意义
• API密钥需安全存储，避免硬编码在脚本中

来源信息

原始链接：https://github.com/openclaw/skills/tree/main/skills/ravishar313/openbio/SKILL.md
来源类型：GitHub仓库