Arboreto基因调控网络

技能简介

面向单细胞与批量RNA测序数据的调控关系挖掘工具，支持从单机到集群的弹性扩展。帮助研究者识别关键转录因子及其靶基因，解析基因表达调控的分子机制。

能做什么

• 整理数据并生成分析结果
• 提炼指标变化与异常点
• 输出报表或结论摘要

使用说明

• 准备数据源和分析口径。
• 执行整理、比对和指标计算。
• 输出报表并复核关键结论。

uv pip install arboreto

python scripts/basic_grn_inference.py expression_data.tsv output_network.tsv --tf-file tfs.txt --seed 777

英文名

arboreto

输入与输出

见下方输入与输出表格。

风险提示

• 涉及外部平台接口、账号或权限时，先确认授权边界与数据访问范围。
• 自动生成或自动执行结果应保留人工复核，避免直接替代最终业务判断。
• 若处理内部资料、客户信息或经营数据，应先完成脱敏与权限控制。

来源信息

原始链接：https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills
来源类型：GitHub 开源仓库