Scanpy单细胞测序分析

技能简介

Scanpy是单细胞转录组学的主流分析工具，高效处理数万至数百万细胞数据。支持从原始计数矩阵到细胞亚型注释的完整 workflow，广泛应用于发育生物学、肿瘤微环境及免疫学研究。

能做什么

• 整理数据并生成分析结果
• 提炼指标变化与异常点
• 输出报表或结论摘要

使用说明

• 准备数据源和分析口径。
• 执行整理、比对和指标计算。
• 输出报表并复核关键结论。

python scripts/qc_analysis.py input_file.h5ad --output filtered.h5ad

python scripts/qc_analysis.py input.h5ad --output filtered.h5ad \

英文名

scanpy

输入与输出

见下方输入与输出表格。

风险提示

• 涉及外部平台接口、账号或权限时，先确认授权边界与数据访问范围。
• 自动生成或自动执行结果应保留人工复核，避免直接替代最终业务判断。
• 若处理内部资料、客户信息或经营数据，应先完成脱敏与权限控制。

来源信息

原始链接：https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills
来源类型：GitHub 开源仓库